Le bâtiment actuel est la troisième église construite à la Mothe-Achard.
La première, église, Sainte Marie de MOTA–CHART, s’élevait quelques cent mètres plus bas que celle-ci, en direction de l’est Bourg-Paillé. De cette construction, nous ne savons rien, sinon qu’elle était la principale église de la Mothe-Achard qui comptait alors deux paroisses. Elle fut probablement incendiée pendant les guerres de religion (1562-1598) et jamais reconstruite.
Dès lors la Mothe ne compta plus qu’une paroisse et qu’une seule église.
La seconde église, l’église Saint-Jacques, était sans doute la chapelle du château. Elle s’élevait dès le 12ème siècle à l’emplacement de l’actuelle église.
Elle fut construite sur le modèle de la Chapelle-Achard, tout au moins au niveau de l’abside et de la nef de chœur de même largeur. Elle fut plusieurs fois agrandie, remaniée, consolidée : une première fois en 1636, après les guerres de religion où elle avait subi le même sort que Sainte-Marie, puis en 1785. Pendant la révolution, l’église fut épargnée de l’incendie allumé en 1794 par les soldats de la convention et qui détruisit entièrement le bourg. Elle servit alors de dépôt de munitions et d’écurie, usage dont elle sortit très endommagée. Restaurée de 1801 à 1806, elle retrouva son usage normal jusqu’en 1898 où, vaincue par l’âge, trop petite et menaçant de s’écrouler, elle fut démolie. Ses pierres furent enchâssées dans les murs de la nouvelle église, construite à l’emplacement même.
Celle-ci fut donc commencée en 1898, à une époque où en Vendée, on en releva ou construisit des centaines du même genre. Elle fut ouverte au culte dès les derniers mois de 1899 et consacrée le 1er Mai 1901 par Mgr Catteau, alors Evêque de Luçon. Le style à la mode était le néo-gothique, reconnaissable à l’usage de l’arc brisé que l’on retrouve aussi bien dans les fenêtres que dans les voûtes de l’édifice.
Il faut supposer que les petites dimensions de l’église précédente étaient mal supportées de ses paroissiens puisque pour celle-ci, on n'a lésiné ni l’espace (elle peut contenir jusqu’à 800 personnes), ni le volume (ainsi qu’on peut le constater à l’élévation des voûtes). Un autre souci des constructeurs semble avoir été de faire de cet édifice un monument digne d’un chef-lieu de canton florissant : il fallait qu’on le voit de loin, d’où l’orgueilleuse flèche néo-gothique ajourée de minuscules ouvertures fléchées qui s’élève à plus de cinquante mètres et domine toute la campagne environnante.
