L'église néo-gothique actuelle date de la fin du XIXème siècle. Ce sont probablement les moines de Saint-Philbert de Noirmoutier qui ont évangilisé les premiers ce site de Sainte-Marie, comme d'ailleurs toute la côte du Pays de Retz. L'ancienne abbaye est démolie complètement au XVIIème siècle.
Malgré les nombreuses invasions jusqu'au XIème siècle, le prieuré subsiste et fut érigé en abbaye au XIIème siècle. L'abbaye de Sainte-Marie atteint son apogée au XIVème siècle. Elle rayonne alors sur 13 prieurés dont le Clion, Pornic, Bourgneuf... Mais suite à de multiples conflits et à l'abandon progressif des lieux par les moines, au XVIIème l'abbaye est démolie. Les bâtiments conventuels occupaient la cure actuelle de Sainte-Marie et les jardins. On pouvait encore y voir des vestiges du cloître et des morceaux de chapiteaux au début du XXème.
Toutefois, il reste à Sainte-Marie deux oeuvres d'art du lointain XIVème siècle, que tout estivant ira voir au moins une fois pendant son séjour. Elles se trouvent toutes deux dans la nouvelle église néo-gothique : la pierre tombale de Guillaume des Bretesches et la statue de Notre-Dame de Tabernacle.
